1.Заведующий лабораторией геномных исследований и вычислительной биологии
2. Научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека
3. Научный сотрудник лаборатории молекулярной патофизиологии
Заведующий лабораторией геномных исследований и вычислительной биологии
Отрасль – молекулярная биология и медицина.
Направление исследований.
1 Геномика
2 Транскриптомика
3 Метагеномика
4 Биоинформатика
Задачи
- Организация и проведение исследований в области молекулярной медицины с акцентов на изучение роли природных биотопов человека
- Организация сбора и хранения клинического материала и метаданных биомедицинских проектов
- Развитие и реализация новых подходов накопления и анализа данных геномного и транскриптомного секвенирования
- Разработка и реализация новых вычислительных алгоритмов комплексного анализа «больших данных»
- Написание заявок на проектное финансирование (РНФ, РФФИ, МОН), обобщение научных результатов, подготовка отчетов и публикаций в рецензируемых научных изданиях
- Научное руководство соискателями, аспирантами и студентами.
- Координирование деятельности научного коллектива в процессе проведения исследования
- Обоснование направления новых исследований и разработок
Методы
- Аналитические - чтение научной литературы и формулировка задачи.
- Управленческие - мотивация сотрудников к работе.
- Организационные – создание условий для максимально продуктивной работы сотрудников.
- Информатические - интеграция данных геномного/транскриптомного секвенирования и метаданных.
- Дедукция и синтез при интерпретации полученных результатов и написании статей
- Молекулярно-биологические - экстракция нуклеиновых кислот из биологического материала с последующим проведением геномного анализа и обработкой данных.
Публикации
- по указанным выше направлениям исследований – не менее 20 публикаций за последние 5 лет.
- Индекс Хирша – не менее 20
Прочие условия
1) участие в международных конференциях - не менее 10 за последние 10 лет.
2) наличие степени доктора наук с датой присуждения степени более 5 лет
3) опыт работы по специальности не менее 10 лет.
4) опыт руководства грантами (РНФ, РФФИ), Госконтрактами - не менее 5 за последнее 5 лет.
Конкурс проводится в ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России по адресу: Москва, ул. Малая Пироговская д.1а.
Срок подачи документов – с 21 февраля по 14 марта 2020 г. Дата проведения конкурса – 17 марта 2020 года.
Тел. (499) 246-91-65
E-mail: e.kostryukova@rcpcm.org
Научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека
Отрасль – молекулярная биология
Направление исследований - молекулярная генетика наследственных патологий роговицы
Задачи:
- Планирование новых проектов, ведение уже существующих, в том числе с установлением и поддержанием контактов с клиническими центрами и пациентскими сообществами, подготовка с нуля подробных протоколов по стандартам www.clinicaltrial.gov, в том числе для Локальных этических комитетов;
- Разработка структуры и поддержание баз участников, образцов (внесение клинико-патологических данных, деанонимизация, архивация, составление отчетов о статусе набора выборок);
- Реализация полного протокола подготовки образцов для анализа с использованием с высокопроизводительного секвенирования (Illumina HiSeq/MiSeq) от выделения ДНК/РНК до смешивания библиотек на запуск;
- Генерация идей и дизайн экспериментов для их реализации, как на основе анализа собственных данных, так и с использованием внешних данных, в том числе данных проектов dbGaP;
- Анализ сигнальных путей и процессов по результатам анализа дифференциальной экспрессии генов с последующей экспериментальной валидацией гипотез;
- Написание статей по теме исследования;
- Участие в написании заявок по грантам РНФ, РФФИ, Министерства науки и высшего образования РФ;
- Участие и руководство вышеперечисленными грантами, а также государственными заданиями в сфере интересов ФМБА России;
- Руководство студентами и аспирантами для выполнения квалификационных (бакалаврских, магистерских и диссертационных) работ.
Методы
- Методы выделения ДНК, РНК из различного биологического материала (ткани, клетки);
- Конструирование библиотек (полногеномных, экзомных (амплификационные и гибридизационные), транскриптомных (поли-А и с рРНК-деплецией) библиотек, библиотек Т-клеточных рецепторов для высокопроизводительного секвенироваия на платформе Illumina (HiSeq/MiSeq);
- Методы работы с РНК в том числе, анализ качества РНК на приборе BioAnalyzer 2100 (Agilent), постановка различных вариантов обратной транскрипци, очистка поли-А РНК? деплеция рРНК.
- Дизайн с нуля компонентов ПЦР систем, постановка и интерпретация результатов, в том числе для ПЦР с конечной точкой (для фрагментного анализа коротких тандемных повторов, для последующего генотипирования вариантов ДНК с помощью секвенирования по Сэнгеру), ПЦР в реальном времени (с использованием интеркалирующих красителей, гидролизных проб в формате биплекса для анализа экспрессии генов и анализа копийности участка ДНК (copy number variation - CNV));
- Методы анализа метилирования ДНК (проведение реакции бисульфитной конверсии ДНК, дизайн праймеров и постановка метил-чувствительной ПЦР, в том числе методом анализа кривых плавления (MS-HRM));
Публикации – Не менее 3-х публикаций по теме исследования с индексацией в Scopus и Web of Science с использованием указанных методик для реализации поставленных задач.
Прочие условия - Опыт участия и руководства грантом (РНФ, РФФИ, Министерства науки). Знание английского языка на уровне, необходимом для написания статей в зарубежные журналы и выступления с устным докладом на конференции. Ученая степень кандидата наук.
Конкурс проводится в ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России по адресу: Москва, ул. Малая Пироговская д.1а.
Срок подачи документов – с 21 февраля по 14 марта 2020 г. Дата проведения конкурса – 17 марта 2020 года.
Тел. (499) 246-91-65
E-mail: e.kostryukova@rcpcm.org
Научный сотрудник лаборатории молекулярной патофизиологии
Отрасль – молекулярная биология
Направление исследований – разработка диагностических панелей метаболических маркеров для характеристики патофизиологических состояний при ВЗК
Задачи:
- Разработка протоколов пробоподготовки для анализа метаболитов методов ГХ-МС
- Разработка протоколов пробоподготовки для анализа метаболитов методов ЯМР
- Обработка и оптимизация получаемых методами ГХ-МС и ЯМР данных
Методы:
- Экстракция метаболитов из биологических образцов (сыворотка, стул, моча, клеточные лизаты)
- ГХ-МС
- ЯМР
Публикации – не менее 5 публикаций, с индексацией РИНЦ, Scopus и/или Web of Science с комплексным использованием указанных методик для реализации поставленных задач.