Лаборатория молекулярной генетики человека располагает собственным комплектом стандартного лабораторного оборудования для молекулярных исследований в области генетики. Кроме того, лаборатория является активным пользователем услуг Геномного центра ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России. В арсенале методов исследования – анализ геномных последовательностей с использованием высокопроизводительных ДНК-секвенаторов нового поколения: Ion Torrent PGM и Ion Torrent Proton (Applied Biosystems, США), HiSeq 2500 (Illumina, США). Пиросеквенирование на GS FLX+ (Roche Diagnostics, США). Высокоплотное генотипирование и анализ метилирования ДНК с использованием высокоплотных биочипов компании Illumina на комплекте из роботизированного модуля TECAN Freedom Evo и сканера чипов iScan (Illumina, США).
Для анализа данных секвенирования и чип-гибридизации используется вычислительный кластер, расположенный в ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России, в состав которого входит десять 24-ядерных узла с 64 Гб ОЗУ каждый и два 48-ядерных узлах с 256 Гб ОЗУ с общей вычислительной мощностью в 3 терафлопс.