В лаборатории молекулярной онкологии ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России проводятся исследования вклада межклеточной коммуникации в формирование устойчивости злокачественных опухолей к традиционной химио- и радиотерапии. Основная цель – обнаружить молекулярные механизмы, которые ответственны за прогрессирование и реинициацию опухолей, и разработать инновационные подходы к борьбе с лекарственной устойчивостью злокачественных опухолей.
Для достижения поставленных целей мы используем комбинацию высокопроизводительных протеомных, транскриптомных и метаболомных технологий в сочетании с традиционными методами молекулярной и клеточной биологии. Наш подход позволяет нам всесторонне анализировать сложные взаимодействия между клетками и их окружением, давая нам глубокое понимание механизмов, управляющих прогрессированием опухоли и возникновением лекарственной устойчивости.
Развивая наши знания в этой области, мы стремимся внести значительный вклад в разработку более эффективных методов лечения онкологических заболеваний.
Основные направления исследований лаборатории:
• Исследование вклада межклеточной коммуникации в возникновение резистентности злокачественных опухолей к химиотерапевтическим препаратам:
Ранее нами было обнаружено на модели аденокарциномы яичника и глиобластомы, что химио- и радиотерапия значительно изменяет профили секреции опухолевых клеток в условиях in vitro и ex vivo. Мы обнаружили, что секретируемые погибающими клетками молекулы не только повышают выживаемость чувствительных к лекарственным препаратам опухолевых клеток, но также стимулирует их пролиферацию, что, в конечном итоге, может приводить к рецидиву этих опухолей. Наши исследования направлены на раскрытие молекулярных механизмов, лежащих в основе этого типа межклеточной коммуникации, и его роли в прогрессии злокачественных опухолей.
• Исследование роли компонентов сплайсосомы в прогрессии злокачественных опухолей:
Мы исследуем особенности регуляции альтернативного сплайсинга мРНК в опухолевых клетках в ответ на различные химиотерапевтические препараты. Исследуем вклад белков и малых ядерных РНК сплайсосомы в межклеточную коммуникацию и развитие химиорезистентности злокачественных опухолей.
• Поиск новых низкомолекулярных соединений и схем комбинированной химиотерапии, способных препятствовать прогрессии злокачественных опухолей in vitro и in vivo:
Мы исследуем молекулярные механизмы действия противоопухолевых препаратов, нацеленных на ингибирование сплайсинга пре-мРНК. Кроме того, мы исследуем противоопухолевое синергетическое действие модуляторов сплайсосинга в комбинации с химиопрепаратами, используемыми в клинической практике. Наше исследование направлено на выявление новых терапевтических возможностей для лечения злокачественных опухолей.
Шендер Виктория Олеговна
Заведующая лабораторией, кандидат химических наук
E-mail: shender_vika@mail.ru
ORCID: 0000-0001-9156-2938
Scopus: 56527206100
ResearcherID: P-8362-2017
Научные интересы:
• Исследование вклада межклеточной коммуникации в возникновение резистентности злокачественных опухолей к химиотерапевтическим препаратам.
• Молекулярный механизм вклада компонентов сплайсосомы в приобретенную химиорезистентность опухолевых клеток.
• Молекулярные механизмы действия противоопухолевых препаратов, нацеленных на ингибирование сплайсосомы.
• Термопротеомное профилирование, основанное на методе теплового сдвига стабильности белков и позволяющее точно определять мишени лекарственных препаратов.
Специализация: Протеомика, клеточная биология, иммунофлуоресцентный анализ, молекулярная онкология, межклеточная коммуникация, биохимия, механизмы регуляции сплайсинга мРНК.
Лукина Мария Максимовна
Научный сотрудник, кандидат биологических наук
ORCID: 0000-0003-1374-8571
Scopus: 56681952300
Научные интересы:
• Исследование молекулярных механизмов действия ингибитора сплайсинга в комбинации с химиопрепаратами, повреждающими ДНК.
• Исследование особенностей взаимодействия опухоль-ассоциированных фибробластов с клетками опухоли.
Специализация: Клеточная биология, молекулярная биология, экспериментальная онкология, оптический имиджинг.
Шнайдер Полина Владимировна
Младший научный сотрудник. Аспирант
ORCID: 0000-0003-2722-6272
Scopus: 25644508800
Научные интересы:
• Молекулярные механизмы коммуникации между опухолевыми клетками под действием химиотерапии и ее вклад в последующее возникновение популяций опухолевых клеток, нечувствительных к лечению.
Специализация: Клеточная биология, иммунофлуоресцентный анализ, молекулярная онкология, протеомика, SILAC.
Иванова Ольга Максимовна
Младший научный сотрудник
ORCID: 0000-0002-2383-1208
Scopus: 56816485700
Научные интересы:
• Исследование роли белков сплайсосомы в межклеточной коммуникации и развитии химиорезистентности опухолевых клеток.
• Молекулярные механизмы патогенеза синдрома Гийена-Барре.
Специализация: Молекулярная биология, транскриптомика, iCLIP, Ribo-seq, РНК-белковые взаимодействия, протеомика.
Гончаров Антон Олегович
Младший научный сотрудник. Аспирант
ORCID: 0000-0001-5538-5655
Scopus: 57204357851
Научные интересы:
• РНК-редактирование: изучение функций фермента ADAR у человека в норме и при различных патологиях.
• Онкопротеомика: поиск биомаркеров и терапевтических мишеней.
• Термопротеомное профилирование, основанное на методе теплового сдвига стабильности белков (Cellular Thermal Shift Assay (CETSA), Proteome Integral Stability Alteration (PISA)) и позволяющее точно определять мишени лекарственных препаратов.
Специализация: Протеогеномика. Анализ и интеграция протеомных и NGS-данных.
Павлюков Марат Самвелович
Старший научный сотрудник, доктор биологических наук
ORCID: 0000-0003-4829-1030
Scopus: 41561986500
Научные интересы:
• Исследование роли альтернативного сплайсинга РНК в онкологических заболеваниях.
• Поиск новых низкомолекулярных соединений, способных препятствовать прогрессии глиобластомы человека in vitro и in vivo.
• Исследование внутриопухолевой гетерогенности глиобластомы человека.
Специализация: Клеточная биология, молекулярная биология, глиобластома, сплайсинг мРНК.
Арзуманян Лорине Кареновна
Лаборант-исследователь
Студентка РНИМУ им. Пирогова, медико-биологический факультет, отделение Медицинская биохимия, 5 курс.
ORCID: 0000-0002-2234-4782
Научные интересы:
• Исследование роли белков и РНК сплайсосомы в прогрессии онкологических заболеваний.
• Использование протеомных подходов для исследования молекулярных механизмов заживления раны.
Специализация: Протеомика, омиксные технологии, клеточная биология.
Лашкин Арсений Игоревич
Лаборант-исследователь
Студент МГУ им. М. В. Ломоносова, биологический факультет, кафедра биоорганической химии, 3 курс бакалавриата.
ORCID: 0009-0000-4650-7737
Scopus: 56681952300
Научные интересы:
• Исследование механизмов развития химиорезистентности за счёт коммуникации клеток злокачественных опухолей.
Специализация: Клеточная биология, биохимия, протеомика.
Свирина Екатерина Алексеевна
Студентка ПМГМУ им. Сеченова, факультет биоинженерии и биоинформатики.
ORCID: 0009-0001-1777-1480
Scopus: 56681952300
Научные интересы:
• Исследование молекулярных механизмов действия ингибитора сплайсинга в комбинации с химиопрепаратами, повреждающими ДНК.
Специализация: Патологическая биохимия, молекулярная биология.
Избранные публикации
- Shender V, Anufrieva K, Shnaider P, Arapidi G, Pavlyukov M, Ivanova O, Malyants I, Stepanov G, Zhuravlev E, Ziganshin R, Butenko I, Bukato O, Klimina K, Veselovsky V, Grigoryeva T, Malanin S, Aleshikova O, Slonov A, Babaeva N, Ashrafyan L, Khomyakova E, Evtushenko E, Lukina M, Wang Z, Silantiev A, Nushtaeva A, Kharlampieva D, Lazarev V, Lashkin A, Arzumanyan L, Petrushanko I, Makarov A, Lebedeva O, Bogomazova A, Lagarkova M, Vadim Govorun V. Therapy-induced Secretion of Spliceosomal Components Mediates Pro-Survival Crosstalk Between Ovarian Cancer Cells // Nat Commun. 2024 Jun 19;15(1):5237. DOI:10.1038/s41467-024-49512-6.
- Anastasia N Kazakova, Maria M Lukina, Ksenia S Anufrieva, Irina V Bekbaeva, Olga M Ivanova, Polina V Shnayder, Andrey Slonov, Georgij P Arapidi, Victoria O Shender. Exploring the diversity of cancer-associated fibroblasts: insights into mechanisms of drug resistance. Front Cell Dev Biol. 2024 May 16:12:1403122. DOI: 10.3389/fcell.2024.1403122.
- Liu X., Zhang J., Wang Z., Yan M., Xu M., Li G., Shender V., Wei J.J., Li J., Shao C., Zhang S., Kong B., Song K., Liu Z. Splicing Factor PQBP1 Curtails BAX Expression to Promote Ovarian Cancer P rogression // Adv Sci (Weinh). 2024 Feb 11:e2306229; DOI: 10.1002/advs.202306229.
- Borisevich S.S., Aksinina T.E., Ilyina M.G., Shender V.O., Anufrieva K.S., Arapidi G.P., Antipova N.V., Anizon F., Esvan Y.J., Giraud F., Tatarskiy V.V., Moreau P., Shakhparonov M.I., Pavlyukov M.S., Shtil A.A. The Nitro Group Reshapes the Effects of Pyrido[3,4- g]quinazoline Derivativ es on DYRK/CLK Activity and RNA Splicing in Glioblastoma Cells // Cancers (Basel). 2024 Feb 19;16(4):834; DOI: 10.3390/cancers16040834.
- Peshkova M, Korneev A, Revokatova D, Smirnova O, Klyucherev T, Shender V, Arapidi G, Kosheleva N, Timashev P. Four sides to the story: A proteomic comparison of liquid-phase and matrix-bound extracellular vesicles in 2D and 3D cell cultures // Proteomics. 2024 Jan 10:e2300375. DOI: 10.1002/pmic.202300375.
- Ivanova OM, Anufrieva KS, Kazakova AN, Malyants IK, Shnaider PV, Lukina MM, Shender VO. Non-canonical functions of spliceosome components in cancer progression // Cell Death Dis. 2023 Feb 2;14(2):77. DOI: 10.1038/s41419-022-05470-9.
- Petrunina NA, Shtork AS, Lukina MM, Tsvetkov VB, Khodarovich YM, Feofanov AV, Moysenovich AM, Maksimov EG, Shipunova VO, Zatsepin TS, Bogomazova AN, Shender VO, Aralov AV, Lagarkova MA, Varizhuk AM. Ratiometric i-Motif-Based Sensor for Precise Long-Term Monitoring of pH Micro Alterations in the Nucleoplasm and Interchromatin Granules // ACS Sens. 2023 Jan 20. DOI: 10.1021/acssensors.2c01813.
- Polina V. Shnaider, Irina Yu. Petrushanko, Olga I. Aleshikova, Nataliya A. Babaeva, Lev A. Ashrafyan, Ekaterina I. Borovkova, E. Dobrokhotova, Ivan M. Borovkov, Victoria O. Shender, and Elena Khomyakova. Expression level of CD117 (KIT) on ovarian cancer extracellular vesicles correlates with tumor aggressiveness // Front. Cell Dev. Biol., 2023 Sec. Cancer Cell Biology Volume 11. DOI: 10.3389/fcell.2023.1057484.
- I.V. Alekseeva, A.A. Kuznetsova, O.A. Kladova, V.O. Shender, P.V. Schneider, O.S. Fedorova, N.A. Kuznetsov. DNA Probes for Analysis of the Activity of Key Enzymes of the Base Excision DNA Repair Pathway in Human Cells // Mol Biol (Mosk). 2023 Mar-Apr;57(2):316-329.
- M.A. Uvarova, D.E. Baravikov, F.M. Dolgushin, T.M. Aliev, K.O. Titov, O.B. Bekker, A.I. Lashkin, I.K. Malyants, V.O. Shender, M.A. Kiskin, I.L. Eremenko, I.A. Lutsenko. Antiproliferative and antimycobacterial effects of mononuclear palladium(II) complexes with N-heterocyclic ligands // Inorganica Chimica Acta, Volume 556, 2023. DOI: 10.1016/j.ica.2023.121649.
- Zixiang Wang, Shourong Wang, Junchao Qin, Xiyu Zhang, Gang Lu, Hongbin Liu, Haiyang Guo, Ligang Wu, Victoria O. Shender, Changshun Shao, Beihua Kong & Zhaojian Liu. Splicing factor BUD31 promotes ovarian cancer progression through sustaining the expression of anti-apoptotic BCL2L12 // Nature Commun. 2022 Oct 21;13(1):6246. DOI: 10.1038/s41467-022-34042-w
- Anastasia N. Kazakova, Ksenia S. Anufrieva , Olga M. Ivanova, Polina V. Shnaider, Irina K. Malyants, Olga I. Aleshikova, Andrey V. Slonov, Lev A. Ashrafyan, Nataliya A. Babaeva, Artem V. Eremeev, Veronika S. Boichenko, Maria M. Lukina, Maria A. Lagarkova, Vadim M. Govorun, Victoria O. Shender and Georgij P. Arapidi. Deeper insights into transcriptional features of cancer-associated fibroblasts: An integrated meta-analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data // Front. Cell Dev. Biol. - Cancer Cell Biology. 03 October 2022; DOI: 10.3389/fcell.2022.825014.
- Tatyana D. Larionova, Soniya Bastola, Tatyana E. Aksinina, Ksenia S. Anufrieva, Jia Wang, Victoria O. Shender, Dmitriy E. Andreev, Tatiana F. Kovalenko, Georgij P. Arapidi, Polina V. Shnaider, Anastasia N. Kazakova, Yaroslav A. Latyshev, Victor V. Tatarskiy, Alexander A. Shtil, Pascale Moreau, Francis Giraud, Chaoxi Li, Yichan Wang, Maria P. Rubtsova, Olga A. Dontsova, Michael Condro, Benjamin M. Ellingson, Mikhail I. Shakhparonov, Harley I. Kornblum, Ichiro Nakano, Marat S. Pavlyukov. Alternative RNA splicing modulates ribosomal composition and determines the spatial phenotype of glioblastoma cells // Nature Cell Biology. 03 October 2022; DOI: 10.1038/s41556-022-00994-w.
- Anton O. Goncharov, Victoria O. Shender, Ksenia G. Kuznetsova, Anna A. Kliuchnikova and Sergei A. Moshkovskii. Interplay between A-to-I Editing and Splicing of RNA: A Potential Point of Application for Cancer Therapy // Int. J. Mol. Sci. 2022, 23(9), 5240; DOI: 10.3390/ijms23095240.
- Vera A. Bragina, Elena Khomyakova, Alexey V. Orlov, Sergey L. Znoyko, Elizaveta N. Mochalova, Liliia Paniushkina, Victoria O. Shender, Thalia Erbes, Evgeniy G. Evtushenko, Dmitry V. Bagrov, Victoria N. Lavrenova, Irina Nazarenko and Petr I. Nikitin. Highly Sensitive Nanomagnetic Quantification of Extracellular Vesicles by Immunochromatographic Strips: A Tool for Liquid Biopsy // Nanomaterials. 2022, 12(9), 1579; DOI: 10.3390/nano12091579.
- Lutsenko IA, Nikiforova ME, Koshenskova KA, Kiskin MA, Nelyubina YV, Primakov PV, Fedin MV, Becker OB, Shender VO, Malyants IK, Eremenko IL (2021). Binuclear Complexes of Cu(II) and Mg(II) with 2-Furancarboxylic Acid: Synthesis, Structure, EPR Spectroscopy, and Results of In Vitro Biological Activity against Mycolicibacterium Smegmatis and SCOV3. RUSS J COORD CHEM+ 47 (12), 881–890.
- Shnaider P.V., Ivanova O.M., Malyants I.K., Anufrieva K.S., Semenov I.A., Pavlyukov M.S., Lagarkova M.A., Govorun V.M., Shender V.O. New Insights into Therapy-Induced Progression of Cancer // Int J Mol Sci. 2020 Oct 23;21(21):E7872. doi: 10.3390/ijms21217872.
- Luzhin A.V., Avanesyan B., Velichko A.K., Shender V.O., Ovsyannikova N., Arapidi G.P., Shnaider P.V., Petrova N.V., Kireev I.I., Razin S.V., Kantidze O.L. Chromatin Trapping of Factors Involved in DNA Replication and Repair Underlies Heat-Induced Radio- and Chemosensitization // Cells. 2020 Jun 8;9(6):1423. DOI: 10.3390/cells9061423.
- Gularyan S.K., Gulin A.A., Anufrieva K.S., Shender V., Shakhparonov M.I., Bastola S., Antipova N.V., Kovalenko T.F., Rubtsov Y.P., Latyshev Y.A., Potapov A.A., and Pavlyukov M.S. Investigation of inter- and intra-tumoral heterogeneity of glioblastoma using TOF-SIMS // Molecular and Cellular Proteomics. 2020, 19(6): 960-970. DOI:10.1074/mcp.RA120.001986.
- Ануфриева К.С., Шендер В.О., Арапиди Г.П., Лагарькова М.А., Говорун В.М. Многогранная роль белков сплайсосомы в регуляции клеточных процессов // Биоорганическая химия. 2019.-2(45)-С.127-135. DOI: 10.1134/S0132342319010032.
- Anufrieva K.S., Shender V.О., Arapidi G.P., Pavlyukov M.S., Shakhparonov M.I., Shnaider P.V., Butenko I.O., Lagarkova M.A., Govorun V.M. Therapy-induced stress response is associated with downregulation of pre-mRNA splicing in cancer cells // Genome Medicine. 2018 Jun 27;10(1):49. DOI:10.1186/s13073-018-0557-y.
- В.О. Шендер, Г.П. Арапиди, М.С. Павлюков, П.В. Шнайдер, К.С. Ануфриева, Г.А. Степанов, В.М. Говорун. Роль межклеточной коммуникации в прогрессии онкологических заболеваний // Биоорганическая химия. 2018,-44(5)-С.471-480. DOI: 10.1134/S0132342318040176.
- Marat S. Pavlyukov, Hai Yu, Soniya Bastola, Mutsuko Minata, Victoria O. Shender, et al. Apoptotic cell-derived extracellular vesicles promote malignancy of glioblastoma via intercellular transfer of splicing factors // Cancer Cell. 2018. 34(1): 119-135. DOI:10.1016/j.ccell.2018.05.012.
- Шахпаронов М.И., Антипова Н.В., Шендер В.О., Шнайдер П.В., Арапиди Г.П., Пестов Н.Б., Павлюков М.С. Экспрессия и внутриклеточная локализация параоксоназы 2 в опухолевых клетках различного типа // Acta Naturae. 2018.-ТОМ 10.№3(38).
- Фадеева Н.П., Антипова Н.В., Шендер В.О., Ануфриева К.С., Степанов Г.А., Бастола С., Шахпаронов М.И., Павлюков М.С. Определение белков наружной мембраны митохондрий, взаимодействующих с белком AIF // Acta Naturae. 2018.-ТОМ 10.№4(39).
- G. Stepanov, E. Zhuravlev, V. Shender, A. Nushtaeva, E. Balakhonova, E. Mozhaeva, M. Kasakin, V. Koval, A. Lomzov, M. Pavlyukov, I. Malyants, M. Zhorov, T. Kabilova, E. Chernolovskaya, V. Govorun, E. Kuligina, D. Semenov and V. Richter. Nucleotide Modifications Decrease Innate Immune Response Induced by Synthetic Analogs of snRNAs and snoRNAs // Genes. 2018. 9(11), 531. DOI:10.3390/genes9110531.
- A.A. Kotlobay, K.S. Sarkisyan, Y.A. Mokrushina, M. Marcet-Houben, E.O. Serebrovskaya, N.M. Markina, L. Gonzalez Somermeyer, A.Y. Gorokhovatsky, A. Vvedensky, K.V. Purtov, V.N. Petushkov, N.S. Rodionova, T.V. Chepurnyh, L.I. Fakhranurova, E.B. Guglya, R. Ziganshin, A.S. Tsarkova, Z.M. Kaskova, V. Shender et al. Genetically encodable bioluminescent system from fungi // PNAS. 2018-Vol.115(50)-P.12728-12732. DOI:10.1073/pnas.1803615115.
- Shender V., Arapidi G, Butenko I, Anikanov N, Ivanova O., Govorun V. Peptidome profiling dataset of ovarian cancer and non-cancer proximal fluids: Ascites and blood sera // Data in Brief. 2018-Vol.22:557-562. DOI: 10.1016/j.dib.2018.12.056.
- Логвина Н.А., Шендер В.О., Арапиди Г.П., Холина Т.Д. Роль везикулярной передачи межклеточных сигналов в развитии злокачественных новообразований // Биоорганическая химия. 2018.-2(44)-С.113-125. DOI:10.7868/S013234231802001X.
- Ziganshin R., Ivanova O., Lomakin Ya., Belogurov A. Jr, Kovalchuk S., Azarkin I., Arapidi G., Anikanov N., Shender V., Piradov M., Suponeva N., Vorobyeva A., Gabibov A., Ivanov V., Govorun V. The Pathogenesis of the Demyelinating Form of Guillain-Barre Syndrome (GBS): Proteo-peptidomic and Immunological Profiling of Physiological Fluids // Molecular and Cellular Proteomics. 2016.-Vol.15(7)-P.2366-78. DOI:10.1074/mcp.M115.056036.
- Shender V., Pavlyukov M., Ziganshin R., Arapidi G., Kovalchuk S., Anikanov N., Altukhov I., Alexeev D., Butenko I, Shavarda A., Khomyakova E., Evtushenko E., Ashrafyan L., Antonova I., Kuznetcov I., Gorbachev A., Shakhparonov M., Govorun V. Proteome-Metabolome Profiling of Ovarian Cancer Ascites Reveals Novel Components Involved in Intercellular Communication // Molecular and Cellular Proteomics. 2014.-Vol.13(12)-P.3558-71. DOI:10.1074/mcp.M114.041194.
Материалы конференций
- Polina Shnaider, Irina Malyants, Olga Ivanova, Georgij Arapidi, Maria Lagarkova, Vadim Govorun, Victoria Shender. Contribution of stress granules and spliceosomal components to the formation of chemoresistance in ovarian cancer cells. FASEB journal, Special Issue: Experimental Biology 2022, Volume 36, Issue S1, May 2022
- Victoria Shender, Polina Shnaider, Ksenia Anufrieva, Olga Ivanova, Georgij Arapidi, Irina Malyants, Zhanat Baymukhanova, Marat Pavlyukov, Maria Lagarkova, Vadim Govorun Spliceosomal components-mediated intercellular communication: role in chemoresistance acquisition of ovarian cancer cells FASEB journal, Special Issue: Experimental Biology 2021, Volume 35, Issue S1, May 2021
- Ksenia Anufrieva, Victoria Shender, Polina Shnaider, Olga Ivanova, Veronika Boichenko, Zhanat Baymukhanova, Maria Lagarkova, Georgij Arapidi. Molecular mechanisms underlying synergistic anticancer effects of spliceosome inhibitor combined with cisplatin. FASEB journal, Special Issue: Experimental Biology 2021, Volume 35, Issue S1, May 2021
Грант РНФ 22-15-00462 «Исследование молекулярного механизма противоопухолевого действия ингибитора сплайсинга в комбинации с препаратами, повреждающими ДНК, на модели аденокарциномы яичника», 2022-2024 гг.
Грант РНФ 22-75-00103 «Идентификация белков, специфичных для опухоль-ассоциированных фибробластов, и исследование их роли в коммуникации между клетками опухоли и ее микроокружения», 2022-2023 гг.
Грант Министерства науки и высшего образования 075-15-2019-1669 в рамках реализации Программы развития генетических технологий на 2019–2027 годы «Геномные и постгеномные технологии для преодоления проблем устойчивости злокачественных опухолей к лекарственной терапии.»
