Главная » Научные исследования » Отдел постгеномных технологий » Лаборатория простых систем » Публикации
Лаборатория простых систем

Публикации

  1. Fesenko I., Kirov I., Kniazev A., Khazigaleeva R., Lazarev V., Kharlampieva D., Grafskaia E., Zgoda V., Butenko I., Arapidi G., Mamaeva A., Ivanov V., Govorun V. Distinct types of short open reading frames are translated in plant cells. Genome Res. 2019 Sep;29(9):1464-1477. doi: 10.1101/gr.253302.119. Epub 2019 Aug 6.
  2. Rakitina D., Baikova J., Pobeguts O., Bukato O., Butenko I., Garanina I., Levites M., Manolov A., Kanygina A., Kostryukova E., Semashko T., Karpova I., Babenko V., Scherbakov P., Khalif I., Shapina M., Parfenov A., Ruchkina I., Knyazev O., Fadeeva N., Subbotin A., Chamkin S., Pyrkh A., Ivantsova M., Govorun V. Proteomic dataset: Profiling of cultivated Echerichia coli isolates from Crohn's disease patients and healthy individuals. Data Brief. 2019 Mar 7;23:103734. doi: 10.1016/j.dib.2019.103734. eCollection 2019 Apr.
  3. Bespyatykh J., Smolyakov A., Guliaev A., Shitikov E., Arapidi G., Butenko I., Dogonadze M., Manicheva O., Ilina E., Zgoda V., Govorun V. Proteogenomic analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster strains. J Proteomics. 2019 Feb 10;192:18-26. doi: 10.1016/j.jprot.2018.07.002. Epub 2018 Jul 24.
  4. Fesenko I., Azarkina R., Kirov I., Kniazev A., Filippova A., Grafskaia E., Lazarev V., Zgoda V., Butenko I., Bukato O., Lyapina I., Nazarenko D., Elansky S., Mamaeva A., Ivanov V., Govorun V. Phytohormone treatment induces generation of cryptic peptides with antimicrobial activity in the Moss Physcomitrella patens. BMC Plant Biol. 2019 Jan 7;19(1):9. doi: 10.1186/s12870-018-1611-z.
  5. Gao F., Alekhina O.M., Vassilenko K.S., Simon A.E. Unusual dicistronic expression from closely spaced initiation codons in an umbravirus subgenomic RNA. Nucleic Acids Res. 2018 Dec 14;46(22):11726-11742. doi: 10.1093/nar/gky871.
  6. Anufrieva K.S., Shender V.О., Arapidi G.P., Pavlyukov M.S., Shakhparonov M.I., Shnaider P.V., Butenko I.O., Lagarkova M.A., Govorun V.M. Therapy-induced stress response is associated with downregulation of pre-mRNA splicing in cancer cells. Genome Med. 2018 Jun 27;10(1):49. doi: 10.1186/s13073-018-0557-y.
  7. Матюшкина Д.С., Побегуц О.В., Букато О.Н., Ракитина Д.В., Байкова Ю.П., Ладыгина В.Г., Андреев Д.Н., Маев И.В., Щербаков П.Л., Говорун В.М. Протеомное профилирование штаммов Escherichia coli, изолированных от пациентов с болезнью Крона. Молекулярная медицина. 2018, т. 16, №1. https://doi.org/10.29296/24999490-2018-01-04.
  8. Матюшкина Д.С., Бутенко И.О., Побегуц О.В., Фисунов Г.Ю., Говорун В.М. Протеомный ответ бактерии при ее взаимодействии с клеткой хозяина на модели MYCOPLASMA GALLISEPTICUM. Биоорганическая химия. 2017, т. 43, №5, с. 507-517.
  9. Butenko I, Vanyushkina A, Pobeguts O, Matyushkina D, Kovalchuk S, Gorbachev A, Anikanov N, Fisunov G, Govorun V. Response induced in Mycoplasma gallisepticum under heat shock might be relevant to infection process. Sci. Rep. 7, (2017). DOI:10.1038/s41598-017-09237-7
  10. Du Z, Alekhina OM, Vassilenko KS, Simon AE. Concerted action of two 3' cap-independent translation enhancers increases the competitive strength of translated viral genomes. Nucleic Acids Res. 2017 Sep 19;45(16):9558-9572.  doi: 10.1093/nar/gkx643
  11. Matyushkina DS, Butenko IO, Pobeguts OV, Fisunov GY, Govorun VM. Proteomic Response of Bacteria during the Interaction with a Host Cell in a Model of Mycoplasma gallisepticum. Russ. J. Bioorganic Chemistry, 2017, 43 (5): 531–539. DOI 10.1134/S1068162017050089
  12. Butenko IO, Matyushkina DS, Pobeguts OV, Kovalchuk SI, Anikanov NA, Fisunov GY, Govorun VM. Data-independent proteome profile of Mycoplasma gallisepticum under normal conditions and heat stress. Data in Brief, 2017. 7 (16):700-704. doi.org/10.1038/s41598-017-09237-7
  13. Dubinkina VB, Tyakht AV, Odintsova VY, Yarygin KS, Kovarsky BA, Pavlenko AV, Ischenko DS, Popenko AS, Alexeev DG, Taraskina AY, Nasyrova RF, Krupitsky EM, Shalikiani NV, Bakulin IG, Shcherbakov PL, Skorodumova LO, Larin AK, Kostryukova ES, Abdulkhakov RA, Abdulkhakov SR, Malanin SY, Ismagilova RK, Grigoryeva TV, Ilina EN, Govorun VM. Links of gut microbiota composition with alcohol dependence syndrome and alcoholic liver disease. Microbiome. 2017 Oct 17;5(1):141. doi.org/10.1186/s40168-017-0359-2
  14. Matyushkina D, Pobeguts O, Butenko I, Vanyushkina A, Anikanov N, Bukato O, Evsyutina D, Bogomazova A, Lagarkova M, Semashko T, Garanina I, Babenko V, Vakhitova M, Lagygina V, Fisunov G, Govorun V. Phase Transition of the Bacterium upon Invasion of a Host Cell as a Mechanism of Adaptation a Mycoplasma gallisepticum model. Sci. Rep. 2016; 1–13. doi: 10.1038/srep35959
  15. Bocharova OV, Urban AS, Nadezhdin KD, Bocharov EV. & Arseniev AS. Cell-free expression of the APP transmembrane fragments with Alzheimer’s disease mutations using algal amino acid mixture for structural NMR studies. Protein Expr. Purif. 123, 105–111 (2016). doi.org/10.1016/j.pep.2016.04.004
  16. Matyushkina DS, Pobeguts OV, Garanina IA, Babenko VV, Vakhitova MT, Fisunov GY, Govorun VM. Data on genome analysis of Mycoplasma gallisepticum during intracellular infection. Data in Brief, 2016. 8 (10):264-268. doi.org/10.1038/srep35959
  17. Bocharova OV, Urban AS, Nadezhdin KD, Bocharov EV. & Arseniev AS. Bacterial and Cell Free Production of APP671 726 Containing Amyloid Precursor Protein Transmembrane and Metal Binding Domains. Biochemistry (Mosc). 2013 Nov;78(11):1263-71 doi: 10.1134/S0006297913110060.

 

Кроме того, сотрудники лаборатории активно принимают участие и тезисы их докладов публикуются в сборниках таких российских и международных конференций, как:

  • The 43th FEBS Congress (Чешская республика, Прага);
  • XIII. Annual Congress of the European Proteomics Association: From Genes via Proteins and their Interactions to Functions (PROTEOMIC FORUM 2019) (Германия, Потсдам);
  • V Международная конференция "ПОСТГЕНОМ-2018" (Россия, Казань);
  • Всероссийская мультиконференция с международным участием «Биотехнология – медицине будущего» (Россия, Новосибирск);
  • Российско-Китайский конгресс по медицинской микробиологии, эпидемиологии, клинической микологии и иммунологии (XXII Кашкинские чтения) (Россия, Санкт-Петербург);
  • II Объединенный научный форум, VI Съезд физиологов СНГ, VI Съезд биохимиков России, IX Российский симпозиум «Белки и пептиды» (Россия, Дагомыс);
  • Международный конгресс «VII съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы» (Россия, Санкт-Петербург);
  • 22-я и 23-я Международные пущинские школы-конференции молодых ученых "БИОЛОГИЯ - НАУКА 21 ВЕКА" (Россия, Пущино);
  • Актуальные вопросы биологии, биотехнологии, ветеринарии, зоотехнии, товароведения и переработки сырья животного и растительного происхождения (Россия, Москва);
  • Научная конференция молодых ученых по медицинской биологии ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России 2018 (Россия, Москва).