Главная » Научные исследования » Отдел биомедицины и геномики » Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов » Публикации
Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов

Публикации

(с 2012 по н.в.)

 

  1. Kuptsov, N., Kornienko, M., Bespiatykh, D., Gorodnichev, R., Klimina, K., Veselovsky, V., Shitikov, E. Global Transcriptomic Response of Staphylococcus aureus to Virulent Bacteriophage Infection. Viruses 2022, 14, 567. https://doi.org/10.3390/v14030567
  2. Shitikov E., Bespiatykh D., Malakhova M., Bespyatykh J., Bodoev I., Vedekhina T., Zaychikova M., Veselovsky V., Klimina K., Ilina E., Varizhuk A. Genome-wide transcriptional response of Mycobacterium smegmatis MC 2 155 to G-quadruplex ligands BRACO-19 and TMPyP4. Frontiers in Microbiology. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.817024
  3. Baranova M. N., Kudzhaev A. M., Mokrushina Y. A., Babenko V. V., Kornienko M. A., Malakhova M. V., Yudin V. G., Rubtsova M. P., Zalevsky A., Belozerova O. A., Kovalchuk S. Deep Functional Profiling of Wild Animal Microbiomes Reveals Probiotic Bacillus pumilus Strains with a Common Biosynthetic Fingerprint. International Journal of Molecular Sciences. 2022, Jan;23(3):1168. https://doi.org/10.3390/ijms2303116
  4. Bespyatykh J., Arapidi G., Shitikov E. Proteogenomic Approach for Mycobacterium tuberculosis Investigation. InShotgun Proteomics 2021 (pp. 191-201). Humana, New York, NY.
  5. Смирнов Г. Б. На заре радиационной генетики. Радиационная биология. Радиоэкология. 2021, 61(2):206-13.
  6. Корниенко М. А., Купцов Н. С., Данилов Д. И., Городничев Р. Б., Малахова М. В., Беспятых Д. А., Веселовский В. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Выделение и характеристика бактериофагов Pseudomonas aeruginosa — потенциальных агентов для фаговой терапии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021; 23(3): 16-23. doi: 10.47183/mes.2021.027
  7. Городничев Р. Б., Корниенко М. А., Купцов Н. С., Малахова М. В., Беспятых Д. А., Веселовский В. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Молекулярно-генетическая характеристика трех новых бактериофагов Klebsiella pneumoniae, перспективных для применения в фаговой терапии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3):90-7. doi: 10.47183/mes.2021.035
  8. Городничев Р. Б., Корниенко М. А., Купцов Н. С., Ефимов А. Д., Богдан В. И., Летаров А. В., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Сравнение методов очистки фаговых лизатов грамотрицательных бактерий для персонализированной терапии. Медицина экстремальных ситуаций. 2021;23(3):30-7. doi: 10.47183/mes.2021.029
  9. Gorodnichev R. B., Volozhantsev N. V., Krasilnikova V. M., Bodoev I. N., Kornienko M. A., Kuptsov N. S., Popova A. V., Makarenko G. I., Manolov A. I., Slukin P. V., Bespiatykh D. A. Novel Klebsiella pneumoniae K23-Specific Bacteriophages From Different Families: Similarity of Depolymerases and Their Therapeutic Potential. Frontiers in microbiology. 2021;12. doi: 10.3389/fmicb.2021.669618
  10. Evdokimova S. A., Nokhaeva V. S., Karetkin B. A., Guseva E. V., Khabibulina N. V., Kornienko M. A., Grosheva V. D., Menshutina N. V., Shakir I. V., Panfilov V. I. A Study on the Synbiotic Composition of A Study on the Synbiotic Composition of Bifidobacterium bifidum and Fructans from Arctium lappa Roots and Helianthus tuberosus Tubers against Staphylococcus aureus. Microorganisms. 2021 May;9(5):930. https://doi.org/10.3390/microorganisms9050930
  11. Bodoev I., Malakhova M., Bespyatykh J., Bespiatykh D., Arapidi G., Pobeguts O., Zgoda V., Shitikov E., Ilina E. Substitutions in SurA and BamA Lead to Reduced Susceptibility to Broad Range Antibiotics in Gonococci. Genes (Basel). 2021, 25;12(9):1312. doi: 10.3390/genes12091312.
  12. Bespiatykh D., Bespyatykh J., Mokrousov I., Shitikov E. A Comprehensive Map of Mycobacterium tuberculosis Complex Regions of Difference. mSphere. 2021, 25;6(4):e0053521. doi: 10.1128/mSphere.00535-21
  13. Vatlin A. A., Shitikov E. A., Shahbaaz M., Bespiatykh D. A., Klimina K. M., Christoffels A., Danilenko V. N. and Maslov D. A. Transcriptomic Profile of Mycobacterium smegmatis in Response to an Imidazo[1,2-b][1,2,4,5]tetrazine Reveals Its Possible Impact on Iron Metabolism. Front. Microbiol. 2021 12:724042. doi: 10.3389/fmicb.2021.72404
  14. Acosta F., Norman A., Sambrano D., Batista V., Mokrousov I., Shitikov E., Jurado J., Mayrena M., Luque O., Garay M., Solis L. Probable long‐term prevalence for a predominant Mycobacterium tuberculosis clone of a Beijing genotype in Colon, Panama. Transboundary and Emerging Diseases. 2021 Jul;68(4):2229-38 doi: 10.1111/tbed.13875
  15. Fursov M. V., Shitikov E. A., Lagutkin D. A., Fursova A. D., Ganina E. A., Kombarova T. I., Grishenko N. S., Rudnitskaya T. I., Bespiatykh D. A., Kolupaeva N. V., Firstova V. V., Domotenko L. V., Panova A. E., Vinokurov A. S., Gushchin V. A., Tkachuk A. P., Vasilyeva I. A., Potapov V. D., Dyatlov I. A. MDR and Pre-XDR Clinical Mycobacterium tuberculosis Beijing Strains: Assessment of Virulence and Host Cytokine Response in Mice Infectious Mode. Microorganisms. 2021 Aug 23;9(8):1792. doi: 10.3390/microorganisms9081792.
  16. Bespyatykh J., Shitikov E., Guliaev A., Smolyakov A., Klimina K., Veselovsky V., Malakhova M., Arapidi G., Dogonadze M., Manicheva O., Bespiatykh D., Mokrousov I., Zhuravlev V., Ilina E., Govorun V. System OMICs analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster. Sci Rep. 2019 Dec 17;9(1):19255. doi: 10.1038/s41598-019-55896-z. Erratum in: Sci Rep. 2020 Mar 6;10(1):4511.
  17. Terekhov S. S., Nazarov A. S., Mokrushina Y. A., Baranova M. N., Potapova N. A., Malakhova M. V., Ilina E. N., Smirnov I. V., Gabibov A. G. Deep Functional Profiling Facilitates the Evaluation of the Antibacterial Potential of the Antibiotic Amicoumacin. Antibiotics. 2020 Apr;9(4):157. https://doi.org/10.3390/antibiotics9040157
  18. Bespyatykh J., Bespiatykh D., Malakhova M., Klimina K., Bespyatykh A., Varizhuk A., Tevyashova A., Nikolenko T., Pozmogova G., Ilina E., Shitikov E. Aureolic Acid Group of Agents as Potential Antituberculosis Drugs. Antibiotics. 2020 Oct;9(10):715. doi:10.3390/antibiotics9100715
  19. Grafskaia E., Pavlova E., Babenko V. V., Latsis I., Malakhova M., Lavrenova V., Bashkirov P., Belousov D., Klinov D., Lazarev V. The Hirudo Medicinalis Microbiome Is a Source of New Antimicrobial Peptides. International journal of molecular sciences. 2020, 21(19):7141. https://doi.org/10.3390/ijms21197141
  20. Bespyatykh J, Shitikov E, Bespiatykh D, Guliaev A, Klimina K, Veselovsky V, Arapidi G, Dogonadze M, Zhuravlev V, Ilina E, Govorun V. Metabolic Changes of Mycobacterium tuberculosis during the Anti-Tuberculosis Therapy. Pathogens. 2020, 9(2):131. doi: 10.3390/pathogens9020131
  21. Fursov M. V., Shitikov E. A., Bespyatykh J. A., Bogun A. G., Kislichkina A. A., Kombarova T. I., Rudnitskaya T. I., Grishenko N. S., Ganina E. A., Domotenko L. V., Fursova N. K. Genotyping, assessment of virulence and antibacterial resistance of the Rostov strain of Mycobacterium tuberculosis attributed to the Central Asia outbreak clade. Pathogens. 2020, 9(5):335. doi: 10.3390/pathogens9050335
  22. Tsvetkov V. B., Varizhuk A. M., Lizunova S. A., Nikolenko T. A., Ivanov I. A., Severov V. V., Belyaev E. S., Shitikov E. A., Pozmogova G. E., Aralov A. V. Phenoxazine-based scaffold for designing G4-interacting agents. Organic & Biomolecular Chemistry. 2020;18(31):6147-54. https://doi.org/10.1039/D0OB00983K
  23. Bespyatykh J., Bespiatykh D., Malakhova M., Klimina K., Bespyatykh A., Varizhuk A., Tevyashova A., Nikolenko T., Pozmogova G., Ilina E., Shitikov E. Aureolic Acid Group of Agents as Potential Antituberculosis Drugs. Antibiotics. 2020 Oct;9(10):715. https://doi.org/10.3390/antibiotics9100715
  24. Kornienko M., Fisunov G., Bespiatykh D., Kuptsov N., Gorodnichev R., Klimina K., Kulikov E., Ilina E., Letarov A., Shitikov, E. Transcriptional Landscape of Staphylococcus aureus Kayvirus Bacteriophage vB_SauM-515A1. Viruses 2020, 12(11):1320. doi: 10.3390/v12111320
  25. Kornienko M., Kuptsov N., Gorodnichev R., Bespiatykh D., Guliaev A., Letarova M., Kulikov E., Veselovsky V., Malakhova M., Letarov A., Ilina E. Contribution of Podoviridae and Myoviridae bacteriophages to the effectiveness of anti-staphylococcal therapeutic cocktails. Scientific reports. 2020 Oct 29;10(1):1-1. https://doi.org/10.1038/s41598-020-75637-x
  26. Купцов Н. С., Корниенко М. А., Городничев Р. Б., Данилов Д. И., Парфенова Т. В., Макаренко Г. И., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Эффективность препаратов бактериофагов против патогенов группы ESKAPE. Вестник Российского государственного медицинского университета. 2020(3):19-26. doi: 10.24075/vrgmu.2020.029
  27. Shitikov E., Guliaev A., Bespyatykh J., Malakhova M., Kolchenko S., Smirnov G., Merker M., Niemann S., Mokrousov I., Ilina E., Govorun V. The role of IS6110 in micro- and macroevolution of Mycobacterium tuberculosis lineage 2. Molecular phylogenetics and evolution. 2019, 1;139:106559. doi: 10.1016/j.ympev.2019.106559
  28. Olekhnovich E. I., Manolov A. I., Samoilov A. E., Prianichnikov N. A., Malakhova M. V., Tyakht A. V., Pavlenko A. V., Babenko V. V., Larin A. K., Kovarsky B. A., Starikova E. V. Shifts in the human gut microbiota structure caused by quadruple Helicobacter pylori eradication therapy. Frontiers in microbiology. 2019:1902. doi: 10.3389/fmicb.2019.01902
  29. Беспятых Ю. А., Виноградова Т. И., Маничева О. А., Заболотных Н. В., Догонадзе М. З., Витовская М. Л., Гуляев А. С., Журавлев В. Ю., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Вирулентность Mycobacterium tuberculosis генотипа Beijing в условиях in vivo. Инфекция и иммунитет. 2019, 9(1):177-86. https://doi.org/10.15789/2220-7619-2019-1-173-182
  30. Смирнов Г. Б., Бодоев И. Н., Макарова А. П., Бутусова Т. Б., Веселовский В. А., Гуляев А. C., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Сравнительная геномика штаммов Escherichia coli АВ1157, АВ2463, АВ2494 и АВ1885. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2019, 37(3):134-9. doi: 10.17116/molgen201937031134
  31. Shitikov E., Vyazovaya A., Malakhova M., Guliaev A., Bespyatykh J., Proshina E., Pasechnik O., Mokrousov I. Simple assay for detection of the Central Asia outbreak clade of the Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype. Journal of clinical microbiology. 2019, 57(7): e00215-19. https://doi.org/10.1128/JCM.00215-19
  32. Bespyatykh J., Smolyakov A., Guliaev A., Shitikov E., Arapidi G., Butenko I., Dogonadze M., Manicheva O., Ilina E., Zgoda V., Govorun V. Proteogenomic analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster strains. Journal of proteomics. 2019, 10;192:18-26. doi: 10.1016/j.jprot.2018.07.002
  33. Отрашевская Е. В., Винокурова В. Н., Шитиков Е. А., Сотникова Е. А., Перевышина Т. А., Колченко С. А., Бутусова Т. Б., Кострюкова Е. С., Ильина Е. Н., Игнатьев Г. М. Изучение генетической стабильности суб-штамма M. bovis BCG-1 (Russia) в процессе производства вакцины БЦЖ. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2018, 2:58-67 https://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-2-58-67
  34. Полонская А. В., Корниенко М. А., Манолов А. И., Купцов Н.С., Смирнов Г.Б., Любасовская Л.А., Припутневич Т.В., Шитиков Е.А., Ильина Е.Н. Вариабельность генов рекомбиназ и mecA стафилококковой хромосомной кассеты Staphylococcus haemolyticus. Антибиотики и Химиотерапия 2018. №63(7-8):33-40.
  35. Корниенко М. А., Купцов Н. С., Городничев Р. Б., Малахова М. В., Любасовская Л. А., Гордеев А. Б., Никитина И. В., Смирнов Г. Б., Шитиков Е. А., Припутневич Т. В., Ильина Е. Н. Особенности коагулазоотрицательных стафилококков, выделенных из центральных венозных катетеров новорожденных детей ОРИТ: формирование биопленок и популяционная структура по данным мультилокусного секвенирования. Акушерство и гинекология. 2018, (5):86-94. https://dx.doi.org/10.18565/aig.2018.5.86-94
  36. Prianichnikov N. A., Malakhova M. V., Babenko V. V., Larin A. K., Olekhnovich E. I., Starikova E. V., Chuvelev D. I., Glushchenko O. E., Samoilov A. E., Manolov A. I., Kovarsky B. A., Tyakht A. V., Pavlenko A. V., Ilina E. N., Kostryukova E. S. Draft genomes of Enterococcus faecium strains isolated from human feces before and after eradication therapy against Helicobacter pylori. Data Brief. 2017, 27;(16):511-514. doi: 10.1016/j.dib.2017.11.069.
  37. Terekhov S. S., Smirnov I. V., Malakhova M. V., Samoilov A. E., Manolov A. I., Nazarov A. S., Danilov D. V., Dubiley S. A., Osterman I. A., Rubtsova M. P., Kostryukova E. S., Ziganshin R. H., Kornienko M. A., Vanyushkina A. A., Bukato O. N., Ilina E. N., Vlasov V. V., Severinov K. V., Gabibov A. G., Altman S. Ultrahigh-throughput functional profiling of microbiota communities. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018, 18;115(38):9551-9556. doi: 10.1073/pnas.1811250115
  38. Беспятых Ю. А., Маничева О. А., Смоляков А. В., Догонадзе М. З., Журавлев В. Ю., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Влияние условий культивирования на протеомный профиль Mycobacterium tuberculosis H37RV. Биомедицинская химия. 2017 Jul 1;63(4):334-40. doi: 10.18097/PBMC20176304334
  39. Shitikov E, Kolchenko S, Mokrousov I, Bespyatykh J, Ischenko D, Ilina E, Govorun V. Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis. Scientific reports. 2017, 23;7(1):1-0. https://doi.org/10.1038/s41598-017-10018-5
  40. Беспятых Ю. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н. Протеомные подходы в изучении микобактерий. Acta Naturae. 2017;9(1):16-26. Английская версия: Bespyatykh J. A., Shitikov E. A., Ilina E. N. Proteomics for the Investigation of Mycobacteria. Acta Naturae. 2017, 9(1):15-25
  41. Mokrousov I, Shitikov E, Skiba Y, Kolchenko S, Chernyaeva E, Vyazovaya A. Emerging peak on the phylogeographic landscape of Mycobacterium tuberculosis in West Asia: Definitely smoke, likely fire. Mol Phylogenet Evol. 2017, 116:202-212 https://doi.org/10.1016/j.ympev.2017.09.002
  42. Terekhov, S.S., Smirnov, I.V., Stepanova, A.V., Bobik, T.V., Mokrushina, Y.A., Ponomarenko, N.A., Belogurov, A.A. Jr, Rubtsova, M.P., Kartseva, O.V., Gomzikova, M.O., Moskovtsev, A.A., Bukatin, A.S., Dubina, M.V., Kostryukova, E.S., Babenko, V.V., Vakhitova, M.T., Manolov, A.I., Malakhova, M.V., Kornienko, M.A., Tyakht, A.V., Vanyushkina, A.A., Ilina, E.N., Masson, P., Gabibov, A.G., Altman, S. Microfluidic droplet platform for ultrahigh-throughput single-cell screening of biodiversity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017, 114(10):2550-2555 https://doi.org/10.1073/pnas.1621226114
  43. Rakitina D. V., Manolov A. I., Kanygina A. V., Garushyants S. K., Baikova J. P., Alexeev D. G., Ladygina V. G., Kostryukova E. S., Larin A. K., Semashko T. A., Karpova I. Y. Genome analysis of E. coli isolated from Crohn’s disease patients. BMC genomics. 2017, 18(1):1-7. doi: 10.1186/s12864-017-3917-x
  44. Городничев Р. Б., Ракитина Д. В., Манолов А. И., Байкова Ю. П., Щербаков П. Л., Смирнов Г. Б., Ильина Е. Н. Характеристика клинических изолятов Escherichia coli, выделенных от пациентов с болезнью Крона. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2017, 6. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-6-42-49
  45. Kornienko M., Ilina E., Lubasovskaya L., Priputnevich T., Falova O., Sukhikh G., Govorun V. Analysis of nosocomial Staphylococcus haemolyticus by MLST and MALDI-TOF mass spectrometry. Infection, Genetics and Evolution. 2016, 1(39):99-105. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2015.12.015
  46. Корниенко М. А., Копыльцов В. Н., Шевлягина Н. В., Диденко Л. В., Любасовская Л. А., Припутневич Т. В., Ильина Е. Н. Способность стафилококков различных видов к образованию биопленок и их воздействие на клетки человека. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016;34(1).
  47. Bespyatykh J., Shitikov E., Butenko I., Altukhov I., Alexeev D., Mokrousov I., Dogonadze M., Zhuravlev V., Yablonsky P., Ilina E., Govorun V. Proteome analysis of the Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster. Scientific reports. 2016, 30;6(1):1-1. https://doi.org/10.1038/srep28985
  48. Sotnikova E. A., Shitikov E. A., Malakhova M. V., Kostryukova E. S., Ilina E. N., Atrasheuskaya A. V., Ignatyev G. M., Vinokurova N. V., Gorbachyov V. Y. Complete genome sequence of Mycobacterium bovis strain BCG-1 (Russia). Genome announcements. 2016, 31;4(2): e00182-16. doi: 10.1128/genomeA.00182-16
  49. Ischenko D., Alexeev D., Shitikov E., Kanygina A., Malakhova M., Kostryukova E., Larin A., Kovalchuk S., Pobeguts O., Butenko I., Anikanov N. Large scale analysis of amino acid substitutions in bacterial proteomics. BMC bioinformatics. 2016, 17(1):1-0. doi: 10.1186/s12859-016-1301-5
  50. Бодоев И. Н., Ильина Е. Н. МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ФОРМИРОВАНИЯ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ NEISSERIA GONORRHOEAE: ИСТОРИЯ И ВЗГЛЯД В БУДУЩЕЕ. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015, 33(3):22-27.
  51. Чаплин А. В., Бржозовский А. Г., Парфёнова Т. В., Кафарская Л. И., Володин Н. Н., Шкопоров А. Н., Ильина Е. Н., Ефимов Б. А. ИЗУЧЕНИЕ ВИДОВОГО РАЗНООБРАЗИЯ БАКТЕРИЙ РОДА BIFIDOBACTERIUM КИШЕЧНОЙ МИКРОФЛОРЫ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДА MALDI-TOF МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ. Вестник Российской академии медицинских наук. 2015. № 4 (70):435-440. doi: 10.15690/vramn.v70.i4.1409
  52. Ikryannikova L. N., Ischenko D. S., Lominadze G. G., Kanygina A. V., Karpova I. Y., Kostryukova E. S., Mayansky N. A., Skvortsov V. S., Ilina E. N., Govorun V. M. The mystery of the fourth clone: comparative genomic analysis of four non-typeable Streptococcus pneumoniae strains with different susceptibilities to optochin. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 2016, 35(1):119-30. DOI https://doi.org/10.1007/s10096-015-2516-5
  53. Зименков Д. В., Кулагина Е. В., Антонова О. В., Суржиков С. А, Беспятых Ю. А., Шитиков Е. А., Ильина Е. Н., Михайлович В. М., Заседателев А. С., Грядунов Д. А. Анализ генетических детерминант множественной и широкой лекарственной устойчивости возбудителя туберкулеза с использованием олигонуклеотидного микрочипа. Молекулярная биология. 2014, 48(2):251.
  54. Bespyatykh J. A., Zimenkov D. V., Shitikov E. A., Kulagina E. V., Lapa S. A., Gryadunov D. A., Ilina E. N., Govorun V. M. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis complex isolates using hydrogel oligonucleotide microarrays. Infection, genetics and evolution. 2014, 1;26:41-6. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2014.04.024
  55. Shitikov E. A., Bespyatykh J. A., Ischenko D. S., Alexeev D. G., Karpova I. Y., Kostryukova E. S., Isaeva Y. D., Nosova E. Y., Mokrousov I. V., Vyazovaya A. A., Narvskaya O. V. Unusual large-scale chromosomal rearrangements in Mycobacterium tuberculosis Beijing B0/W148 cluster isolates. PloS one. 2014, 8;9(1):e84971. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0084971
  56. Chernyaeva E. N., Shulgina M. V., Rotkevich M. S., Dobrynin P. V., Simonov S. A., Shitikov E. A., Ischenko D. S., Karpova I. Y., Kostryukova E. S., Ilina E. N., Govorun V. M. Genome-wide Mycobacterium tuberculosis variation (GMTV) database: a new tool for integrating sequence variations and epidemiology. BMC genomics. 2014, 15(1):1-8. https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-308
  57. Беспятых Ю. А., Шитиков Е. А., Зименков Д. В., Кулагина Е. В., Грядунов Д. А., Носова Е. Ю, Букатина А. А., Шульгина М. В., Журавлев В. Ю., Ильина Е. Н. Определение лекарственной устойчивости и генотипирование клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis при помощи экспериментального набора" ТБ-ТЕСТ". Пульмонология. 2013, 28(4):77-81.
  58. Ilina E. N., Shitikov E. A., Ikryannikova L. N., Alekseev D. G., Kamashev D. E., Malakhova M. V., Parfenova T. V., Afanasev M. V., Ischenko D. S., Bazaleev N. A., Smirnova T. G. Comparative genomic analysis of Mycobacterium tuberculosis drug resistant strains from Russia. PloS one. 2013, Feb 20;8(2):e56577. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0056577
  59. Агеевец В. А., Партина И. В., Лисицына Е. С., Батыршин И. М., Попенко Л. Н., Шляпников С. А., Ильина Е. Н., Сидоренко С. В. Чувствительность грамотрицательных бактерий, продуцентов карбапенемаз, к антибиотикам различныгх групп. Антибиотики и химиотерапия. 2013, 58(3-4):10-3.
  60. Ilina E. N., Malakhova M. V., Bodoev I. N., Oparina N. Y., Filimonova A. V., Govorun V. M. Mutation in ribosomal protein S5 leads to spectinomycin resistance in Neisseria gonorrhoeae. Frontiers in microbiology. 2013, 4:186. doi: 10.3389/fmicb.2013.00186.
  61. Любасовская Л. А., Корниенко М. А., Припутневич Т. В., Ильина Е. Н., Щеголев А. И. Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика коагулазонегативных стафилококков, выделенных у новорождённых отделения реанимации и интенсивной терапии. Антибиотики и химиотерапия. 2013, 58(3-4):25-32.
  62. Ikryannikova L. N., Filimonova A. V., Malakhova M. V., Savinova T, Filimonova O., Ilina E. N., Dubovickaya V. A., Sidorenko S. V., Govorun V. M. Discrimination between S. pneumoniae and S. mitis based on sorting of their MALDI mass spectra. Clin Microbiol Infect. 2013, 19(11):1066-71. doi: 10.1111/1469-0691
  63. Kushnir A. V., Ilina E. N., Malakhova M. V., Priputnevich T. V., Filipenko M. L. Multiple-locus variable number tandem repeat analysis of Neisseria gonorrhoeae isolates in Russia. Infect Genet Evol. 2012, 14:8-14. doi: 10.1016/j.meegid.2012.11.020
  64. Корниенко М. А., Ильина Е. Н., Боровская А. Д., Эдельштейн M. В., Сухорукова M. В., Кострцева М., Говорун В. М. Штаммовая классификация staphylococcus aureus посредством прямого масс-спектрометрического профилирования. Биомедицинская химия. 2012, 58 (5): С.501-513. doi: 10.18097/pbmc20125805501
  65. Shitikov E., Ilina E., Chernousova L., Borovskaya A., Rukin I., Afanasev M., Smirnova T., Vorobyeva A., Larionova E., Andreevskaya S., Kostrzewa M., Govorun V. Mass spectrometry based methods for the discrimination and typing of mycobacteria. Infect Genet Evol. 2012, 12(4):838-45. doi: 10.1016/j.meegid.2011.12.013.
  66. Shevchenko O. V., Mudrak D. Y., Skleenova E. Y., Kozyreva V. K., Ilina E. N., Ikryannikova L. N., Alexandrova I. A., Sidorenko S. V., Edelstein M. V. First detection of VIM-4 metallo-β-lactamase-producing Escherichia coli in Russia. Clin Microbiol Infect. 2012, 18(7): E214-7. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03827.x.