Лаборатория молекулярной онкологии
  • Исследование вклада межклеточной коммуникации в возникновение резистентности злокачественных опухолей к химиотерапевтическим препаратам:
Ранее нами было обнаружено на модели аденокарциномы яичника и глиобластомы, что химио- и радиотерапия значительно изменяет профили секреции опухолевых клеток в условиях in vitro и ex vivo. Мы обнаружили, что секретируемые погибающими клетками молекулы не только повышают выживаемость чувствительных к лекарственным препаратам опухолевых клеток, но также стимулирует их пролиферацию, что, в конечном итоге, может приводить к рецидиву этих опухолей. Наши исследования направлены на раскрытие молекулярных механизмов, лежащих в основе этого типа межклеточной коммуникации, и его роли в прогрессии злокачественных опухолей.

  • Исследование роли компонентов сплайсосомы в прогрессии злокачественных опухолей:
Мы исследуем особенности регуляции альтернативного сплайсинга мРНК в опухолевых клетках в ответ на различные химиотерапевтические препараты. Исследуем вклад белков и малых ядерных РНК сплайсосомы в межклеточную коммуникацию и развитие химиорезистентности злокачественных опухолей.

  • Поиск новых низкомолекулярных соединений и схем комбинированной химиотерапии, способных препятствовать прогрессии злокачественных опухолей in vitro и in vivo:
Мы исследуем молекулярные механизмы действия противоопухолевых препаратов, нацеленных на ингибирование сплайсинга пре-мРНК. Кроме того, мы исследуем противоопухолевое синергетическое действие модуляторов сплайсинга в комбинации с химиопрепаратами, используемыми в клинической практике. Наше исследование направлено на выявление новых терапевтических возможностей для лечения злокачественных опухолей.
Лаборатория молекулярной онкологии ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА России создана в 2021 году в рамках программы по созданию и развитию научных центров мирового уровня. Каждый сотрудник имеет свою специализацию в молекулярной биологии, микроскопии, протеомике и других областях.

В лаборатории молекулярной онкологии проводятся исследования вклада межклеточной коммуникации в формирование устойчивости злокачественных опухолей к традиционной химио- и радиотерапии. Основная цель – обнаружить молекулярные механизмы, которые ответственны за прогрессирование и реинициацию опухолей, и разработать инновационные подходы к борьбе с лекарственной устойчивостью злокачественных опухолей.

Для достижения поставленных целей мы используем комбинацию высокопроизводительных протеомных, транскриптомных и метаболомных технологий в сочетании с традиционными методами молекулярной и клеточной биологии. Наш подход позволяет нам всесторонне анализировать сложные взаимодействия между клетками и их окружением, давая глубокое понимание механизмов, управляющих прогрессированием злокачественных опухолей и возникновением лекарственной устойчивости.

Развивая наши знания в этой области, мы стремимся внести значительный вклад в разработку более эффективных методов лечения онкологических заболеваний.
Основные направления исследований лаборатории
По результатам исследований было опубликовано более 50 статей, в том числе в высокорейтинговых журналах Nature Cell Biology, Nature Communications, Advanced Science и других.
Исследования лаборатории были отмечены наградами: Премией правительства Москвы, Золотой медалью РАН, Стипендиями президента РФ.
Установлено сотрудничество с научно-исследовательскими институтами России, Китая, Индии, Испании и Франции.
Кандидат химических наук
Заведующая лабораторией
Шендер Виктория Олеговна
Scopus: 56527206100
ResearcherID: P-8362-2017
  • Исследование вклада межклеточной коммуникации в возникновение резистентности злокачественных опухолей к химиотерапевтическим препаратам.
  • Молекулярный механизм вклада компонентов сплайсосомы в приобретенную химиорезистентность опухолевых клеток.
  • Молекулярные механизмы действия противоопухолевых препаратов, нацеленных на ингибирование сплайсосомы.
  • Новые подходы к идентификации белковых мишеней низкомолекулярных лекарственных препаратов в живых клетках с помощью технологии термопрофилирования протеома.
Научные интересы:
Специализация: клеточная биология, иммунофлуоресцентный анализ, молекулярная онкология, межклеточная коммуникация, биохимия, механизмы регуляции сплайсинга мРНК.
Кандидат биологических наук
Старший научный сотрудник
Лукина Мария Максимовна
Scopus: 56681952300
  • Исследование молекулярных механизмов действия ингибитора сплайсинга в комбинации с химиопрепаратами, повреждающими ДНК.
  • Исследование особенностей взаимодействия опухоль-ассоциированных фибробластов с клетками опухоли.
Научные интересы:
Специализация: Клеточная биология, молекулярная биология, экспериментальная онкология, оптический имиджинг.
Доктор биологических наук
Старший научный сотрудник
Павлюков Марат Самвелович
Scopus: 41561986500
  • Исследование роли альтернативного сплайсинга РНК в онкологических заболеваниях.
  • Поиск новых низкомолекулярных соединений, способных препятствовать прогрессии глиобластомы человека in vitro и in vivo.
  • Исследование внутриопухолевой гетерогенности глиобластомы человека.
Научные интересы:
Специализация: Клеточная биология, молекулярная биология, глиобластома, сплайсинг мРНК.
Кандидат биологических наук
Научный сотрудник
Шнайдер Полина Владимировна
Scopus: 25644508800
  • Молекулярные механизмы коммуникации между опухолевыми клетками под действием химиотерапии и ее вклад в последующее возникновение популяций опухолевых клеток, нечувствительных к лечению.
Научные интересы:
Специализация: Клеточная биология, иммунофлуоресцентный анализ, молекулярная онкология, протеомика, SILAC.
Младший научный сотрудник
Иванова Ольга Максимовна
Scopus: 56816485700
  • Исследование роли белков сплайсосомы в межклеточной коммуникации и развитии химиорезистентности опухолевых клеток.
  • Молекулярные механизмы патогенеза синдрома Гийена-Барре.
Научные интересы:
Специализация: Молекулярная биология, транскриптомика, iCLIP, Ribo-seq, РНК-белковые взаимодействия, протеомика.
Аспирант
Младший научный сотрудник
Гончаров Антон Олегович
Scopus: 57204357851
  • РНК-редактирование: изучение функций фермента ADAR у человека в норме и при различных патологиях.
  • Онкопротеомика: поиск биомаркеров и терапевтических мишеней.
  • Термопрофилирование протеома, основанное на методе теплового сдвига стабильности белков (Cellular Thermal Shift Assay (CETSA), Proteome Integral Stability Alteration (PISA)) и позволяющее точно определять мишени лекарственных препаратов.
Научные интересы:
Специализация: Протеогеномика, анализ и интеграция протеомных и NGS-данных.
Младший научный сотрудник
Манукян Анна Ашотовна
Scopus: 57962090800
  • Молекулярный механизм работы малых ядерных РНК в опухолевых клетках.
  • Вклад межклеточной коммуникации в развитие резистентности опухолевых клеток к различным химиотерапевтическим препаратам. Роль малых ядерных РНК в данном процессе.
Научные интересы:
Специализация: Молекулярная и клеточная биология, биохимия белков, структурная биология.
Аспирант
Младший научный сотрудник
Свирина Екатерина Алексеевна
  • Исследование молекулярных механизмов действия ингибитора сплайсинга в комбинации с химиопрепаратами, повреждающими ДНК.
  • Фосфопротеомика
Научные интересы:
Специализация: Патологическая биохимия, молекулярная биология, протеомика.
Студент МГУ им. М. В. Ломоносова
Лаборант-исследователь
Лашкин Арсений Игоревич
Scopus: 56681952300
  • Исследование механизмов развития химиорезистентности за счёт коммуникации клеток злокачественных опухолей.
Научные интересы:
Специализация: Клеточная биология, биохимия, протеомика.
Студент МГУ им. М. В. Ломоносова
Лаборант-исследователь
Королев Алексей Дмитриевич
  • Изучение роли транскрипционных факторов в развитии химиорезистентности опухолей.
Научные интересы:
Специализация: Молекулярная биология, клеточная биология, иммунология.
Студент МГУ им. М. В. Ломоносова
Лаборант-исследователь
Стекольникова Полина Алексеевна
  • Исследование молекулярных механизмов действия ингибитора сплайсинга.
Научные интересы:
Специализация: Молекулярная биология, клеточная биология, иммунология.
Лаборант-исследователь
Студентка РНИМУ им. Н.И. Пирогова
Солдунова Анна Олеговна
  • Исследование молекулярных механизмов коммуникации между опухолевыми клетками, опосредованной мРНК и РНК-связывающими белками и её роли в формировании популяций клеток, устойчивых к лечению.
Научные интересы:
Специализация: Молекулярная биология, клеточная биология.
Студент МГУ им. М. В. Ломоносова
Проволович Софья Олеговна
  • Изучение влияния ДНК-повреждающих агентов на коммуникацию клеток аденокарциномы яичника.
Научные интересы:
Специализация: Молекулярная биология, клеточная биология, иммунология.
Студентка МГУ им. М. В. Ломоносова
Гришина Алиса Владимировна
  • Молекулярные механизмы регуляции альтернативного сплайсинга пре-мРНК.
  • Изучение механизмов цитотоксического действия низкомолекулярных модуляторов сплайсинга.
Научные интересы:
Специализация: Молекулярная биология, биохимия, протеомика.
Студент РНИМУ им. Н.И. Пирогова
Проскуряков Тимофей Артёмович
  • Исследование процессов врожденного иммунитета в опухолевых клетках.
  • Изучение функций фермента ADAR1 в опухолевых клетках.
Научные интересы:
Специализация: Биохимия, клеточная биология, микробиология.
Избранные публикации в рецензируемых научных журналах


1) Therapy-induced Secretion of Spliceosomal Components Mediates Pro-Survival Crosstalk Between Ovarian Cancer Cells
Shender V., Anufrieva K., Shnaider P., Arapidi G., Pavlyukov M., Ivanova O., Malyants I., Stepanov G., Zhuravlev E., Ziganshin R., Butenko I., Bukato O., Klimina K., Veselovsky V., Grigoryeva T., Malanin S., Aleshikova O., Slonov A., Babaeva N., Ashrafyan L., Khomyakova E., Evtushenko E., Lukina M., Wang Z., Silantiev A., Nushtaeva A., Kharlampieva D., Lazarev V., Lashkin A., Arzumanyan L., Petrushanko I., Makarov A., Lebedeva O., Bogomazova A., Lagarkova M., Govorun V.
Nature Communications, 2024, 15(1):5237

2) Establishment of Novel High-Grade Serous Ovarian Carcinoma Cell Line OVAR79
Shnaider P.V., Malyants I.K., Ivanova O.M., Gordeeva V.S., Svirina E.A., Zakharzhevskaya N.B., Shagaleeva O.Y., Selezneva O.V., Bogomazova A.N., Lukina M.M., Aleshikova O.I., Babaeva N.A., Slonov A.V., Shender V.O.
International Journal of Molecular Sciences, 2024, 25(24):13236

3) Exploring the diversity of cancer-associated fibroblasts: insights into mechanisms of drug resistance
Kazakova A.N., Lukina M.M., Anufrieva K.S., Bekbaeva I.V., Ivanova O.M., Shnayder P.V., Slonov A., Arapidi G.P., Shender V.O.
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2024, 12:1403122

4) Splicing Factor PQBP1 Curtails BAX Expression to Promote Ovarian Cancer Progression
Liu X., Zhang J., Wang Z., Yan M., Xu M., Li G., Shender V., Wei J.J., Li J., Shao C., Zhang S., Kong B., Song K., Liu Z.
Advanced Science, 2024, :e2306229

5) The Nitro Group Reshapes the Effects of Pyrido[3,4-g]quinazoline Derivatives on DYRK/CLK Activity and RNA Splicing in Glioblastoma Cells
Borisevich S.S., Aksinina T.E., Ilyina M.G., Shender V.O., Anufrieva K.S., Arapidi G.P., Antipova N.V., Anizon F., Esvan Y.J., Giraud F., Tatarskiy V.V., Moreau P., Shakhparonov M.I., Pavlyukov M.S., Shtil A.A.
Cancers, 2024, 16(4):834

6) Non-canonical functions of spliceosome components in cancer progression
Ivanova O.M., Anufrieva K.S., Kazakova A.N., Malyants I.K., Shnaider P.V., Lukina M.M., Shender V.O.
Cell Death & Disease, 2023, 14(2):77

7) Expression level of CD117 (KIT) on ovarian cancer extracellular vesicles correlates with tumor aggressiveness
Shnaider P.V., Petrushanko I.Yu., Aleshikova O.I., Babaeva N.A., Ashrafyan L.A., Borovkova E.I., Dobrokhotova E., Borovkov I.M., Shender V.O., Khomyakova E.
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2023, 11

8) Splicing factor BUD31 promotes ovarian cancer progression through sustaining the expression of anti-apoptotic BCL2L12
Wang Z., Wang S., Qin J., Zhang X., Lu G., Liu H., Guo H., Wu L., Shender V.O., Shao C., Kong B., Liu Z.
Nature Communications, 2022, 13(1):6246

9) Deeper insights into transcriptional features of cancer-associated fibroblasts: An integrated meta-analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data
Kazakova A.N., Anufrieva K.S., Ivanova O.M., Shnaider P.V., Malyants I.K., Aleshikova O.I., Slonov A.V., Ashrafyan L.A., Babaeva N.A., Eremeev A.V., Boichenko V.S., Lukina M.M., Lagarkova M.A., Govorun V.M., Shender V.O., Arapidi G.P.
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2022

10) Alternative RNA splicing modulates ribosomal composition and determines the spatial phenotype of glioblastoma cells
Larionova T.D., Bastola S., Aksinina T.E., Anufrieva K.S., Wang J., Shender V.O., Andreev D.E., Kovalenko T.F., Arapidi G.P., Shnaider P.V., Kazakova A.N., Latyshev Y.A., Tatarskiy V.V., Shtil A.A., Moreau P., Giraud F., Li C., Wang Y., Rubtsova M.P., Dontsova O.A., Condro M., Ellingson B.M., Shakhparonov M.I., Kornblum H.I., Nakano I., Pavlyukov M.S.
Nature Cell Biology, 2022

11) Interplay between A-to-I Editing and Splicing of RNA: A Potential Point of Application for Cancer Therapy
Goncharov A.O., Shender V.O., Kuznetsova K.G., Kliuchnikova A.A., Moshkovskii S.A.
International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23(9):5240

12) New Insights into Therapy-Induced Progression of Cancer
Shnaider P.V., Ivanova O.M., Malyants I.K., Anufrieva K.S., Semenov I.A., Pavlyukov M.S., Lagarkova M.A., Govorun V.M., Shender V.O.
International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(21):7872

13) Investigation of inter- and intra-tumoral heterogeneity of glioblastoma using TOF-SIMS
Gularyan S.K., Gulin A.A., Anufrieva K.S., Shender V., Shakhparonov M.I., Bastola S., Antipova N.V., Kovalenko T.F., Rubtsov Y.P., Latyshev Y.A., Potapov A.A., Pavlyukov M.S.
Molecular & Cellular Proteomics, 2020, 19(6):960-970

14) Therapy-induced stress response is associated with downregulation of pre-mRNA splicing in cancer cells
Anufrieva K.S., Shender V.O., Arapidi G.P., Pavlyukov M.S., Shakhparonov M.I., Shnaider P.V., Butenko I.O., Lagarkova M.A., Govorun V.M.
Genome Medicine, 2018, 10(1):49

15) Apoptotic cell-derived extracellular vesicles promote malignancy of glioblastoma via intercellular transfer of splicing factors
Pavlyukov M.S., Yu H., Bastola S., Minata M., Shender V.O. et al.
Cancer Cell, 2018, 34(1):119-135

16) Nucleotide Modifications Decrease Innate Immune Response Induced by Synthetic Analogs of snRNAs and snoRNAs
Stepanov G., Zhuravlev E., Shender V., Nushtaeva A., Balakhonova E., Mozhaeva E., Kasakin M., Koval V., Lomzov A., Pavlyukov M., Malyants I., Zhorov M., Kabilova T., Chernolovskaya E., Govorun V., Kuligina E., Semenov D., Richter V.
Genes, 2018, 9(11):531

17) Peptidome profiling dataset of ovarian cancer and non-cancer proximal fluids: Ascites and blood sera
Shender V., Arapidi G., Butenko I., Anikanov N., Ivanova O., Govorun V.
Data in Brief, 2018, 22:557-562

18) Proteome-Metabolome Profiling of Ovarian Cancer Ascites Reveals Novel Components Involved in Intercellular Communication
Shender V., Pavlyukov M., Ziganshin R., Arapidi G., Kovalchuk S., Anikanov N., Altukhov I., Alexeev D., Butenko I., Shavarda A., Khomyakova E., Evtushenko E., Ashrafyan L., Antonova I., Kuznetcov I., Gorbachev A., Shakhparonov M., Govorun V.
Molecular & Cellular Proteomics, 2014, 13(12):3558-3571
Диссертационные исследования, проведенные и подготовленные к защите


1) Исследование вклада межклеточной коммуникации в возникновение резистентности злокачественных опухолей яичника к противоопухолевым препаратам
Шнайдер Полина Владимировна
Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности 1.5.4. – Биохимия (2024)
Грант РНФ 25-15-00520 «Новые подходы к идентификации белковых мишеней низкомолекулярных лекарственных препаратов в живых клетках с помощью технологии термопрофилирования протеома на примере ингибиторов сплайсинга»

Грант РНФ 22-15-00462 «Исследование молекулярного механизма противоопухолевого действия ингибитора сплайсинга в комбинации с препаратами, повреждающими ДНК, на модели аденокарциномы яичника»

Грант РНФ 22-75-00103 «Идентификация белков, специфичных для опухоль-ассоциированных фибробластов, и исследование их роли в коммуникации между клетками опухоли и ее микроокружения»

Грант Министерства науки и высшего образования 075-15-2019-1669 в рамках реализации Программы развития генетических технологий на 2019–2027 годы «Геномные и постгеномные технологии для преодоления проблем устойчивости злокачественных опухолей к лекарственной терапии»
Патент РФ № 2024109672/14(021845) «Способ лечения солидных опухолей млекопитающих». Шендер В.О., Ануфриева К.С., Арапиди Г.П., Лукина М.М., Шнайдер П.В., Иванова О.М. от 10.04.2024.