Современное название Центр получил в 2015 году, когда на базе НИИ физико-химической медицины и Клинической больницы № 123 был создан Федеральный научно-клинический центр Физико-химической медицины ФМБА России.
Это событие стало важным шагом в практической реализации платформы персонифицированной медицины в системе ФМБА.
Потенциал ФНКЦ ФХМ даёт широкие возможности для трансляции достижений биотехнологии, генетики и геномики в клиническую медицину.